San Yu gia nhập các lực lượng vũ trang Myanma ngày 14 tháng 1 năm 1946 với hàm thiếu úy và thuộc tiểu đoàn súng trường Myanma số 3. San Yu thăng tiến rất nhanh nhờ trung thành với cấp trên. Ngày 23 tháng 1 năm 1947, San Yu được thăng hàm đại úy, phó tiểu đoàn trưởng tiểu đoàn nói trên; đến ngày 24 tháng 2 năm 1949, tức là chỉ 3 năm sau khi nhập ngũ, ông đã được thăng hàm thiếu tá.[2]

Ngày 25 tháng 11 năm 1949, ông được thăng quân hàm trung tá, tiểu đoàn trưởng tiểu đoàn súng trường Karen số 1. Sau đó, ông được điều sang tiểu đoàn súng trường Kachin số 1 vào ngày 22 tháng 12 năm 1950. Từ năm 1950 đến năm 1951, ông là thuộc hạ của chuẩn tướng Tư lệnh Quân khu Bắc Ne Win. Từ ngày 17 tháng 9 năm 1952, ông chuyển về làm ở Bộ Tổng tham mưu.

Ngày 9 tháng 3 năm 1956, ông được thăng quân hàm đại tá và trở thành Tư lệnh Quân khu Bắc vào ngày 25 tháng 2 năm 1959. Ngày 9 tháng 4 năm 1959, ông được thăng quân hàm chuẩn tướng. Ngày 16 tháng 8 năm 1961, làm Trung đoàn trưởng Trung đoàn Bộ binh số 1; ngày 16 tháng 10 năm 1961, làm Tư lệnh Quân khu Đông; ngày 29 tháng 11 năm 1961, làm Tư lệnh Quân khu Tây Bắc.

Sau cuộc đảo chính 1962, chuẩn tướng San Yu trở thành Phó Tham mưu trưởng Lục quân Myanma vào ngày 15 tháng 2 năm 1963. Ngày 20 tháng 4 năm 1972, ông được thăng quân hàm Đại tướng, Tổng Tư lệnh Quân đội Myanma.